Niektórzy twierdzą, że nagrody Miasta Krakowa ustanowiono po to, aby nikt nie mówił, że jedyne co Kraków może ofiarować swoim zasłużonym obywatelom to możliwość oglądania Wieży Ratuszowej i Sukiennic oraz miejsce na Rakowicach.
Nieco naciągnięta tradycja sięga 1535 roku, kiedy to miasto uhonorowało Mikołaja Jaskiera za kodyfikację miejskiego prawa. Potem było "długo, długo nic", aż w 1933 roku postanowiono przyznawać nagrody za wybitne dzieła literackie przyczyniające się do rozwoju kultury polskiej. Nagród nie rozdawano jednak rozrzutnie, o czym świadczy fakt, że przed wojną zdołano zaledwie docenić Marię Pawlikowską-Jasnorzewską. Do tradycji powrócono po II wojnie światowej rozszerzając w ciągu kolejnych lat paletę nagród o plastykę, muzykę, architekturę, naukę, teatr, sztukę konserwatorską i fotografię artystyczną (sporadycznie - sport) oraz prace dyplomowe absolwentów krakowskich uczelni. W I połowie lat 50. XX wieku nagród nie przyznawano. Do tradycji wrócono w 1958 roku, ale o jakiejś systematyczności w przyznawaniu nagród można mówić dopiero po 1970 roku. Mimo że monopol na przyznawanie nagród za działalność artystyczną długo utrzymywało ministers